国税庁から見解が出ています。
（国税庁：「信託契約における残余財産の帰属権利者として取得した土地等の譲渡に係る租税特別措置法第35条第３項に規定する被相続人の居住用財産に係る譲渡所得の特別控除の特例の適用可否について」）
空き家特例は，空き家である被相続人の居住用家屋と敷地（区分建物は含まない）を相続または遺贈で取得したもので，土地建物を第三者に売却し，売却金額が１億円以下の場合等ある一定の要件を満たすと，確定申告で，特別控除できる特例があります。
（国税庁：「被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」）
家族信託等で信託財産にした場合には，将来，対象不動産は空き家特例が利用できないようなので，信託契約時の信託財産の範囲に，居住用土地，建物を含むか否かを慎重にご検討ください。